鼠害也是温室里比较担心的问题。鼠害直接破坏植物物种，应采取有效措施控制鼠害：

首先，生态控制又称生态灭鼠，目的是改变和破坏适合啮齿动物危害的环境条件。改变温室生态环境是生态控制的重要手段，造成不利于有害小鼠生存和繁殖的条件，从而降低有害小鼠的密度。

其次，从物理角度看，物理灭鼠主要是在温室内使用鼠笼式、鼠笼式、扣式、压盘式、铁刺式、电子诱捕器等灭鼠工具，以及淹水法、扣捕法等。

最后，利用毒物杀灭鼠类，包括胃毒、熏蒸剂、驱避剂和消毒剂等，化学灭鼠的优点是放于温室内，效率高，杀灭效果好，效果快，是目前大面积广泛应用的灭鼠方法。

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